深草興聖寺における道元禅師の教団は順調に 発展していきましたが、比叡山からの圧迫は続き、 また、体制の側に受け入れられることはありません でした。 　寛元元年（1243）、道元禅師は波多野義重 (はたのよししげ)の招きに応じて、越前志比庄 （しいのしょう）に移ることになりました。 道元禅師、44歳の時のことでした。

寛元２年（1244）波多野喜重の寄進による修行道場が 完成。はじめは大仏寺と名づけられましたが、のちに 永平寺と改められました。 これが今日の大本山永平寺です。

深山幽谷の地、永平寺に入った 道元禅師は、修行道場の規定や諸行事の 制定などを行い、以前にもまして弟子達の 指導に心血をそそぎました。それはまさしく、 恩師如浄禅師の言葉を実践してゆこうとする ものでした。

宝治元年（1247）、波多野義重から書状が届き、 幕府の所在地、鎌倉へと招かれました。 鎌倉では、時の執権、北条時頼と対面し道元禅の 真髄を説きましたが、当時の鎌倉武士達の信仰も 加持祈祷や密教がほとんどであり、道元禅師が 目指した禅による教化は、ここでも理解されることは ありませんでした。　　　　　　　　（道元禅師、48歳）